Rośliny w Pieninach
Rośliny w Pienińskim Parku Narodowym, wapienne podłoże, brak zlodowaceń, wyjątkowe zróżnicowanie mikroklimatyczne oraz geomorfologiczne, bliskie sąsiedztwo wapiennych pasm słowackich oraz Tatr i związana z tym dość duża łatwość migracji roślin pomiędzy pasmami oraz niewielka wysokość pasma zadecydowały o dużym urozmaiceniu szaty roślinnej w Pieninach.
Obok zbiorowisk leśnych spotyka się tu zbiorowiska piargowe i naskalne, ponadto związane z działalnością człowieka zbiorowiska półnaturalne, takie jak łąki czy pastwiska. Na obszarze Pienin występuje około 400 gatunków glonów, 1100 gatunków roślin naczyniowych, 350 gatunków wątrobowców / mchów, 1200 gatunków grzybów, 480 gatunków porostów.
Obszar Pienin wyraźnie wyodrębnia trzy podstawowe kompleksy środowiskowe, różniące się głównie charakterem roślinności:
- stoki północne, na których dominują mezofilne lasy bukowo-jodłowe, a także łąki i pola,
- dolina Dunajca oraz większych jego dopływów, Krośnicy i Grajcarka, pozbawione obecnie na znacznych przestrzeniach swych naturalnych zbiorowisk roślinnych, przede wszystkim lasów łęgowych, znaczne obszary dolin zajmują osiedla, łąki, pastwiska oraz pola uprawne,
- stoki południowe są silnie nasłoneczniane, w dużej części zajęte przez naturalną roślinność naskalną oraz ciepłolubne lasy jodłowo
- bukowe, a także grunty orne i suche pastwiska.
W Pieninach występują endemity - gatunki spotykane tylko w tutaj: pszonak pieniński, mniszek pieniński oraz odmiany endemiczne: chaber barwny, rozchodnik ostry odmiana wapienna, bylica, piołun odmiana wapienna. Przetrwały na terenie Pienin relikty - rośliny, które występują na swoich stanowiskach z wcześniejszych okresów geologicznych, żyjąc w izolowanych populacjach znacznie oddalonych od zwartych areałów występowania gatunku: jałowiec sawina, dębik ośmiopłatkowy i tzw. chryzantema Zawadzkiego.
Pienińskie Lasy
Ze względu na bogatą rzeźbę i urozmaicenie terenu lasy nie tworzą jednolitego systemu, mimo że występują prawie całkowicie w jednym piętrze roślinności - reglu dolnym. W Pieninach prawie zupełnie brak jest lasów pogórza. Charakterystyczną cechą jest zróżnicowanie szaty leśnej w zależności od ekspozycji zboczy. Na stokach północnych największy udział powierzchniowy ma rozwijający się na glebach brunatnych zespół buczyny karpackiej. Gatunkami dominującymi w drzewostanie są buk i jodła lub tylko jeden z tych gatunków. Domieszkę zwykle stanowi świerk oraz gatunki liściaste: jawor, wiąz górski, lipa szerokolistna. W runie występują żywiec gruczołowaty, paprotnik Brauna, żywokost sercowaty, zdrojówka rutewkowata.
Zbiorowiska borowe występujące w Pieninach są z reguły sztucznego pochodzenia. Powstały one w wyniku wycięcia naturalnych drzewostanów bukowych i jodłowo-bukowych. Jedynie niewielki płat świerczyny rosnący w Małych Pieninach pod Wysoką ma cechy boru górnoreglowego. Rozwija się on na trudno wietrzejącym podłożu wapiennym. Gleba jest silnie kwaśna. W drzewostanie dominuje świerk. Runo porastają charakterystyczne dla borów borówki, widłaki, gruszyczki. 
W głębokich, cienistych wąwozach i żlebach Pienin Właściwych, na wapiennym rumoszu rozwija się rzadki typ lasu - jaworzyna górska, znany w Polsce poza Pieninami z Bieszczadów oraz nielicznych stanowisk w Sudetach (Góry Kaczawskie), na Jurze Krakowsko-Częstochowskiej i Beskidzie Niskim. W dobrze wykształconych jego płatach drzewostan buduje jawor z domieszką klonu, jesionu, wiązu górskiego, buka i jodły. Zbiorowisko to zajmuje jedno z najżyźniejszych siedlisk leśnych, o umiarkowanie wilgotnej, próchniczej glebie, która gromadzi się między rumoszem skalnym. Żyzna warstwa mineralno-próchnicza sięga tu nawet poniżej metra głębokości. Rozwija się w niej bujne runo z dominującą miesiącznicą trwałą oraz języcznikiem zwyczajnym i glistnikiem jaskółcze ziele.
Strome południowe zbocza, w strefie kontaktowej ze skałkami lub na skalistych grzbietach Pienin Właściwych porastają charakterystyczne dla Pienin ciepłolubne buczyny i jedliny. Są to wielogatunkowe lasy, gdzie drzewostan tworzą oba z wymienionych gatunków o różnym udziale uzależnionym od położenia. Przewaga świerka ma charakter antropogeniczny. W domieszce rosną: grab, jawor, lipa szeroko- i drobnolistna, jesion, wiąz górski. W runie występuje wiele gatunków rzadkich i chronionych, m.in. rozpowszechnione w Karpatach południowych, a w Polsce występujące jedynie w Pieninach i osiągające tu północną granicę zasięgu w Europie, turzyca biała i wiechlina styryjska. Swoje siedliska mają tutaj rzadkie storczyki: buławnik wielkokwiatowy, buławnik mieczolistny, kruszczyk drobnolistny. Częste są dzwonki: brzoskwiniolistny i jednostronny, przytulia Schultesa oraz kozłek trójlistkowy.
W Pieninach Właściwych odsłonięte grzbiety i półki skalne o wystawie południowej porastają reliktowe laski sosnowe. Drzewostan tworzy głównie sosna zwyczajna, rzadko występują jodła, buk i świerk. Sosny rosnące pojedyńczo na skałkach mają specyficzny pokrój: skarlały pień, nisko osadzone i poskręcane konary, parasolowaty kształt korony. W laskach pokrój drzew staje się bardziej zbliżony do przeciętnego. Ze względu na małą powierzchnię lasków runo stanowi do pewnego stopnia przypadkową mieszaninę elementów leśnych i murawowych. Występują w nim: sesleria skalna, turzyca biała, trzcinnik pstry, kruszczyk rdzawoczerwony, turzyca palczasta.
W obrębie ciepłolubnej buczyny do wysokości nie przekraczającej 480 m npm spotyka się w przełomie Dunajca niewielkie płaty lasu, które zaliczyć można do grądów. Fragmenty grądów różnią się florystycznie od otaczających je lasów jodłowo-bukowych obfitszym występowaniem i lepszym odnawianiem się grabu i lipy drobnolistnej. Charakterystycznymi gatunkami roślin występującymi w runie są: gwiazdnica wielkokwiatowa, turzyca owłosiona, przylaszczka. 
Aluwia górskich rzek w miejscach okresowo zalewanych wodami powodziowymi porasta nadrzeczna olszyna górska. Okresowe zalewanie warunkuje istnienie tej biocenozy. Wezbrane wody osadzają cząstki mineralne wraz z substancjami odżywczymi, dzięki czemu gleba jest bardzo żyzna. Równocześnie eliminują gatunki, które nie tolerują zalewania (braku tlenu) lub też przysypania naniesionym iłem. Powstaje specyficzny zespół, który nie może istnieć w warunkach ustabilizowanego poziomu wody w rzece. Drzewostan tworzy olsza szara. W domieszce częste są: wierzby - iwa i krucha, jesion, czeremcha. W runie dominuje podagrycznik pospolity, jeżyny, lepiężniki - wyłysiały i różowy. Składnikiem tych lasów jest rzadki i chroniony pióropusznik strusi.
Na wypłaszczeniach stoków w miejscach wysięków wody rozwija się zespół bagiennej olszyny górskiej. Drzewostan tworzy głównie olsza szara. W runie występują: świerząbek orzęsiony, knieć błotna i górska, kozłek całolistny, niezapominajka błotna.
Pienińskie Łąki
Łąki Pienińskiego Parku Narodowego mają w większości charakter półnaturalny. Powstały w wyniku wielowiekowej działalności człowieka. Początkowo po wykarczowaniu lasów tereny dzisiejszych łąk w większości użytkowane były jako pola orne. Dopiero pod koniec XIX wieku zaczęto je przekształcać w użytki zielone. Dzisiaj posiadają wysokie walory przyrodnicze. Urozmaicają krajobraz i w istotny sposób zwiększają jego różnorodność. Ekstensywnie użytkowane (brak nawożenia, późne jednokrotne koszenie) są siedliskiem wielu roślin kwiatowych. Na 1 metrze kwadratowym można stwierdzić 30-40 gatunków, a na 100 metrach kwadratowych w niektórych płatach ich liczba dochodzi do 70. Do tego bogactwa należy jeszcze dodać wielką różnorodność mchów oraz grzybów kapeluszowych pojawiających się najobficiej po sianokosach. Licznie występują tu gatunki rzadkie i zagrożonych. Łąki pienińskie słyną jako miejsce występowania niezwykle bogatej fauny bezkręgowców, przede wszystkim owadów.
Najcenniejsza umiarkowanie sucha łąka pienińska z przelotem pospolitym, koniczyną pagórkową i pogiętą, rozwijająca się na lipcowe koszenie, usuwanie biomasy i bardzo umiarkowane nawożenie. Zaprzestanie koszenia powoduje wkraczanie gatunków leśnych i naturalne zalesianie łąk. Zbyt obfite nawożenie, jak i jego brak jest przyczyną zmiany składu gatunkowego zbiorowiska. Występowanie umiarkowanie suchych
łąk jest niemal całkowicie ograniczone do Pienin, a jedynie jego zubożałe odpowiedniki spotkać możemy wsąsiednich pasmach górskich. Wśród roślin kwiatowych występujących w zbiorowisku na szczególną uwagę zasługują storczyki: samiczy, męski, kukułka bzowa, kukułka Fuchsa, storczyca kulista, podkolan biały, gółka długoostrogowa, ozorka zielona, listera jajowata. Inne rosnące tu gatunki to: mieczyk dachówkowaty, chaber driakiewnik, wilżyna bezbronna, kozibród wschodni, dzwonki; rozpierzchły i skupiony, lucerna sierpowata, macierzanka zwyczajna, jaskier wielokwiatowy, babka średnia, komonica zwyczajna, wiązówka bulwkowa, szelężniki: większy i mniejszy, groszki: łąkowy i leśny, krzyżownice: czubata i zwyczajna, biedrzeniec mniejszy.
Wraz ze wzrostem wysokości zmienia się skład florystyczny łąk. Na nieużytkowanych, ocienionych obrzeżach większych polan oraz opuszczonych niewielkich polanach śródleśnych, na wysokości do 800 m n.p.m. rozwijają się łąki ziołoroślowe niższych położeń. Bogactwo tych łąk jest umiarkowane. Rosną tu m.in. jarzmianka większa, biedrzeniec wielki, goryczka trojeściowa, przywrotnik ostroklapowy, świerząbek orzęsiony. Polany pod Trzema Koronami, na Kosarzyskach, Wyrobku, Klejczynie porastają bujne pienińskie łąki ziołoroślowe. Koszone nieregularnie, raz na 2-3 lata charakteryzują się bujniejszą niż łąki ciepłolubne roślinnością. Panują tu gatunki ziołoroślowe; ciemiężyca zielona, okrzyn szerokolistny, złocień podbaldachowy, dziurawiec czteroboczny. Wczesną wiosną zakwitają łany przebiśniegów, a póżnym latem ostrożeń głowacz. W zborowisku rosną również gatunki ciepłolubne: wilczomlecz sosnka, jaskier wielokwiatowy, kłosownica pierzasta, czyścica storzyszek oraz trawy. Pienińską łąkę ziołoroślową spotyka się w zakresie wysokości 750-950 m n.p.m., w miejscach dość silnie nachylonych, umiarkowanie nasłonecznionych.
Na łąkach, w miejscach lokalnych wysięków wody rozwija się wilgotna łąka ostrożeniowa. Gatunkiem
dominującym jest tu ostrożeń łąkowy. Z innych roślin wilgociolubnych częste są: pępawa błotna, knieć błotna, kulik zwisły, sitowie leśne. Bardzo ciekawym zbiorowiskiem jest eutroficzna młaka górska. Wykształca się w miejscach z wolno sączącą sie wodą bogatą w węglan wapnia. Charakterystycznymi składnikami zbiorowiska są: kozłek całolistny, turzyca Davalla, turzyca żółta oraz wełnianka szerokolistna. W zbiorowisku tym rośnie owadożerny tłustosz zwyczajny i piękny storczyk - kruszczyk błotny. Warstwę przyziemną budują mchy. Młaki eutroficzne występują od podnóży Pienin po około 800 m n.p.m. w miejscach prawie płaskich zarówno dość dobrze nasłonecznionych jak i zacienionych.
Murawy naskalne
Strome, przepaściste ściany i półki skalne oraz drobny gruz i piarg wapienny zajmują murawy naskalne, będące siedliskiem dla pienińskich endemitów i reliktów, a także rzadkich roślin wysokogórskich i kserotermicznych.
Strome ściany i półki skalne Pienin Czorsztyńskich są miejscem występowania ciepłolubnej murawy naskalnej. Zbiorowisko występuje na wysokości od około 500 do 760 m n.p.m., najczęściej na skałach wapiennych, rzadziej na marglach, pokrytych cienką warstwą silnie próchnicznej inicjalnej rędziny, na stokach o wystawie południowej. W kilku miejscach na terenie parku, wyjątkowo można spotkać murawę naskalną na stokach o wystawie północnej (podzespół z zanokcicą zieloną). Płaty zbiorowiska są niewielkie, mają od kilku do kilkudziesięciu arów. W składzie florystycznym zbiorowiska dominują rośliny kserotermiczne, wśród których panuje kostrzewa blada i czosnek skalny, a towarzyszą im: pięciornik omszony, ożanka górska, cieciorka pstra, lucerna sierpowata, wilczomlecz sosnka, wiechlina spłaszczona, driakiew żółtawa, fiołek kosmaty, przytulia biała, ciemiężyk białokwiatowy. Rosną tu także gatunki górskie: rojownik włochaty, pszonak Wittmanna, skalnica gronkowa. Ciepłolubne murawy naskalne w Pienińskim PN są w większości pochodzenia naturalnego, jedynie część z nich powstała wtórnie po odlesieniu skał. Często występuje w mozaice z murawą kserotermiczną i ciepłolubnymi zaroślami.
Na skalnych półkach Pienin Właściwych występuje endemiczna, tzn. w takim składzie gatunkowym występująca jedynie w Pieninach, naskalna murawa górska. Zbiorowisko rozwija się w dużym zakresie wysokości, od skał położonych nad Dunajcem aż po wierzchołek Trzech Koron, tylko na skale wapiennej pokrytej cienką warstwą rędziny inicjalnej. 70% powierzchni zajętej przez murawę to strome ściany skalne o nachyleniu powyżej 50 stopni. Rosnące tutaj rośliny przystosowały się do specyficznych warunków klimatycznych. Posiadają mięsiste liście magazynujące wodę, liście i łodygi pokryte kutnerem, co zapobiega parowaniu wody, silnie rozwinięte systemy korzeniowe umożliwiające przytwierdzanie się do skalnego podłoża. Rośliną panującą jest tu sesleria skalna, gatunek poza Pieninami występujący w Polsce jedynie w Tatrach i na Ponidziu. Największymi osobliwościami flory rosnącymi w zbiorowisku są: trzeciorzędowy relikt i jednocześnie endemit Pienin - mniszek pieniński, oraz reliktowa chryzantema Zawadzkiego, rosnąca na rozległych obszarach środkowej Azji. Jedynym miejscem występowania tej rośliny w Europie są Pieniny. Reprezentantem flory wysokogórskiej jest aster alpejski, rosnący licznie wysoko w Tatrach i Alpach. Pienińskie stanowiska tej rośliny znajdują się już na wysokości 460 m n.p.m. Inne gatunki to: chaber barwny, pszonak Wittmanna, posłonek skalny, goździk wczesny, traganek jasny, oleśnik górski, przetacznik kłosowy, goździk kartuzek, ożanka górska, przewiercień sierpowaty, rozchodnik ostry i smagliczka skalna, zdobiącą w maju żółtymi kwiatami skalne ściany przełomu Dunajca. Naskalna murawa górska jest zbiorowiskiem w pełni naturalnym. Występowała już w czasie holocenu, a przypuszczalnie już także w plejstocenie (ok. 12 tys. lat temu). Niedostępności ścian skalnych zawdzięcza swe przetrwanie do czasów współczesnych w formie prawie niezmienionej. 
Na południowych, ciepłych i suchych zboczach, na brzegach języków piargowych rozwija się murawa kserotermiczna. W Pieninach Właściwych jest zbiorowiskiem naturalnym. Nieliczne tylko płaty powstały wtórnie po wycięciu ciepłolubnych lasów bukowych. W pozostałych częściach pienińskiego pasa skałkowego ma charakter całkowicie wtórny. Rozwinęła się tam na zniszczonych, zwietrzałych skałach i odlesionych stokach. Roślinami podkreślającymi odrębność florystyczną zespołu są: cieciorka pstra, czyścica storzyszek, dziurawiec zwyczajny, lebiodka pospolita, okrzyn szerokolistny, czyściec kosmaty, oman szlachtawa, rzepik pospolity, perłówka siedmiogrodzka. Na uwagę zasługuje obecność pszonaka pienińskiego - endemitu rosnącego jedynie na górze zamkowej w Czorsztynie i na Flakach. W Pieninach Właściwych do wymienionych gatunków dołączają rośliny wysokogórskie, które wnikają tutaj z sąsiednich muraw naskalnych. Murawy kserotermiczne stanowią ogniwo w łańcuchu sukcesji prowadzącej od muraw naskalnych do zbiorowisk leśnych. Stadia inicjalne reprezentują płaty pozbawione krzewów, natomiast na starszych zaawansowanych w sukcesji powierzchniach krzewy należą do roślin panujących. Z krzewów należy wymienić: dereń świdwę, śliwę tarninę, berberys zwyczajny oraz różne gatunki róż.
Mszaki to rośliny których życie zapewnia gametofit - tzw. plecha lub ulistniona łodyżka, który je odżywia i wytwarza zarodnie. Na sporoficie powstają zarodnikowepuszki, sporofit jest zależny w stu procentach od gametofitu, jego podstawowym zadaniem jest wytworzenie i rozsianie zarodników. Mszaki są różnej wielkość, wahającej się od 1 mm do 50 cm. Występują najczęściej w zwartych plechach i darniach, można także obserwować pojedyncze łodyżki wyrastające z pomiędzy innych gatunków mszaków i roślin. Mszaki żyją praktycznie w każdym środowisku. Spotykamy je w ostępach puszcz, na pruchniejącym drewnie, w wodzie rzek oraz jezior, w miastach na ścianach i dachach budynków, czy cmentarzach. Trudno jest wyliczyć wszystkie siedliska zamieszkane przez tę grupę roślin, chociaż oczywiście każdy z gatunków ma swoje wymagania względem siedliska i nie wszędzie może występować.
Mszaki to rośliny o prostej budowie, powstałe w erze paleofitycznej. Co ciekawe niie posiadają one korzeni, w zamian mają tzw. chwytniki pobierające wodę swoją powierzchnią. Mszaki zbudowane są z części zielonej - gametofitem i części wykształcającej zarodniki - sporofitem. Budowa mszaków jest podstawą do ich podziału na niższe obiekty taksonomiczne. Mszaki dzielimy na glewiki, wątrobowce i mchy.
Glewiki posiadają ze słabo wykształconym splątkiem oraz rozetkowatym gametofitem przyrośniętym do ziemi chwytnikami. Charakterystyczna jest dla tej gromady roślin obecność wielkiego chloroplastu z jednym pirenoidem - ciałkiem białkowym, wokół którego gromadzi się skrobia, w każdej komórce gametofitu. Przestwory powietrzne plechy z czasem wypełniają się śluzem, w którym żyją kolonie sinic. W odróżnieniu od innych gromad mszaków rodnie powstają wewnątrz plechy, stosunkowo dużych asymilujących i stale rosnących sporofitów. Zarodnia, dojrzewająca najpierw w górnej części, otwiera się dwoma podłużnymi klapami skąd wysypują się zarodniki, gdy tymczasem w dolnej części cały czas tworzą się nowe.
Mchy - W gromadzie mchów wyróżniono cztery klasy roślin. Pienińskie mchy należą do trzech z nich, występują tutaj torfowce, płonniki i prątniki. Torfowce w swojej budowie mają niespotykane u innych mszaków bezbarwne komórki wodne przeplecione z tworzącymi sieć zielonymi komórkami asymilacyjnymi. Komórki wodne pozwalają na gromadzenie wody, której objętość przekracza wielokrotnie masę samej rośliny. Nie wchodząc w szczegóły różniące klasy płonników i prątników najbardziej czytelny (chociaż niezgodny z obecną systematyką) jest podział na mchy ortotropowe i plagiotropowe. Pierwsze z nich swoją budową przypominają rośliny naczyniowe, ponieważ ich gametofit (rosnący pionowo) ma ulistnioną łodyżkę i wykształcone chwytniki, przypominające korzenie. Dopiero na wierzchołku ulistnionego gametofitu powstaje po zapłodnieniu sporofit, na którym wytwarza się puszka zarodnikowa. Mniej podobna do roślin naczyniowych jest grupa mchów plagiotropowych (rozgałęzionych i płożących się po podłożu), wytwarzających sporofity na szczytach bocznych gałązek, dlatego łodyżka może rosnąć nie przerywając dalszego wzrostu.
Wątrobowce - wyróżnia obecność wewnątrz komórek ciał oleistych, których rola dotychczas nie została poznana. Kolejną ważną cechą jest występowanie w środku zarodni skręconych, taśmowatych sprężyc ułatwiających rozsiewanie zarodników. Organizmy te posiadają bardzo zróżnicowaną budowę, na podstawie której podzielono tę gromadę organizmów na niższe jednostki taksonomiczne. Wątrobowce należące do klasy porostnicowe wykształcają taśmowatą, wielokomórkową plechę o złożonej strukturze wewnętrznej, na której wyrastają parasolowate twory z organami rozmnażania płciowego. Niektóre gatunki tworzą kubkowate twory, wewnątrz których znajdują się rozmnóżki służące do rozmnażania wegetatywnego. Druga klasa to meszkowe, w której część gatunków tworzy plechę o bardzo prostej budowie, zbudowaną z kilku warstw komórek wyglądem zewnętrznym przypominającą porostnicowe. Pozostałe organizmy w tej klasie posiadają dwa rzędy naprzeciwległych względem siebie listków bocznych oraz jeden rząd listków brzusznych. Oprócz wykształcanych organów rozmnażania płciowego różne gatunki często tworzą rozmnóżki.
